Největším chráněným přírodním územím je Šumava, chráněná jednak jako chráněná krajinná oblast, jednak (jádro území) jako národní park. Je součástí přeshraniční biosférické rezervace Šumava - Bavorský les. Druhou důležitou biosférickou rezervací je Třeboňsko. Méně známé jsou PřP Novohradské hory a CHKO Blanský les.
Městské památkové rezervace
České Budějovice
Český Krumlov
Jindřichův Hradec
Prachatice
Slavonice
Soběslav
Tábor
Třeboň
Hrady a zámky
Bechyně
Blatná
Červená Lhota
Český Krumlov
Dačice
Hluboká nad Vltavou
Jindřichův Hradec
Kozí Hrádek
Kratochvíle
Landštejn
Orlík nad Vltavou
Rožmberk nad Vltavou
Stádlec nad Lužnicí
Strakonice
Stráž nad Nežárkou
Třeboň
Zvíkov
zříceniny
Průmysl
Proto mělo v minulosti pro Jihočeský kraj velký význam lesnictví a dřevařský průmysl. Vzhledem k nalezištím křemene a křemenného písku zde vznikl také průmysl sklářský.