Je mu proto nabídnuta účast na expedici do města Antiků-Atlantis, jehož adresu objevil Daniel Jackson a které leží hluboko v galaxii Pegasus.
Brzy po příchodu do Pegasu se ovšem stává nechtěným vojenským velitelem, když je plukovník Sumner, který pozici původně zastával, Sheppardem zabit. Na Sumerovi se totiž živila Wraithská královna a Sheppard Sumnera zastřelil, když viděl, že si to Sumner sám přeje. A protože je expedice od Země odříznutá, nezbývá nic jiného, než aby Sheppard jeho pozici zaujal. Později se ukáže, že jeho nadřízení z toho moc nadšení nebyli, protože Sheppard má skvrnu v záznamech. Kdysi při jedné akci odmítl poslechnout rozkaz, když odmítl opustit své dva kolegy v Afghánistánu, a chtěl je zachránit.
Během začátků expedice se ale jeho problémy s autoritami projevily, když se často neshodl s doktorkou Weirovou, velící expedice. Když bylo město napadeno nanovirem, přímo ignoroval její přímý rozkaz. Později si ale své rozpory vyříkali a John se stal doktorce velkou oporou.
Díky její podpoře dokonce při znovu navázání kontaktu se Zemí prosadila, aby dál zůstal vojenským velitelem a navíc mu vynutila i povýšení na podplukovníka.
Při své službě v jiné galaxii se mu nevyhnuly problémy v podobě přisátí mimozemského brouka k jeho krku, což mu v budoucnosti způsobilo další potíže, když se po střetu s Wraithskou dívkou Eliou sám začal v něco podobného broukovi měnit. Doktor Beckett naštěstí našel léčbu, ale u Shepparda tyto události způsobily přirozenou averzi k těmto stvořením.
Má i smrtelného nepřítele v podobě bývalého Geniiského velitele, Kolyi, jenž se nejprve pokusil převzít násilím město. Kolya, který se stal nevítaným i mezi svými lidmi, Sheppardův tým o dva roky později překvapil na jedné planetě, kde Johna unesl a chtěl ho použít jako rukojmí při prosazování svých požadavků směrem k současnému vůdci Genii, Ladonu Radimovi. Sheppard opravdu zkusil, když Kolyovy přesvědčovací prostředky sestávaly z dost nepříjemného živení Wraitha na samotném Sheppardovi. Ten samý Wraith ale pomohl plukovníkovi utéct a později mu dokonce tzv. "darem života" znovu vrátil jeho sílu a věk.
Sheppard má na Atlantis autoritu a velké slovo, protože často dokáže přesvědčit i doktorku Weirovou. To se mu povedlo i v případě nového člena svého týmu, Ronona Dexe, který se k nim připojil po útěku poručíka Forda, předávkovaného Wraithským enzymem.
Ronon Dex ho velmi respektuje a je mu i hodně vděčný za záchranu života. Sheppard má dále překvapivého nejlepšího přítele v podobě doktora Rodneyho McKaye, s nímž se nejednou dostal do maléru.
Biografie herce
Joe Flanigan představuje odvážného a talentovaného pilota Majora Johna Shepparda, který se stal členem týmu Stargate Atlantis poté, co objevili jeho schopnost manipulovat s antickými technologiemi.
Narodil se v Los Angeles. V šesti letech se přestěhoval na malý ranč na předměstí Rena v Nevadě. Navštěvoval základní školu v Ojai v Californii a později získal diplom z historie na Colorádské univerzitě. Následující léta strávil v cizině (v Paříži), kde pracoval jako časopisový reportér. Poté začal studovat herectví v The Neighbourhood Playhouse v New Yorku.
Po návratu do Los Angeles v roce 1994 se objevil v televizní minisérii "Family Album" na NBC. Celkem pravidelně pak vystupoval například v seriálech "Sisters" a "First Monday". Od té doby hrál ještě v mnoha filmech a seriálech (například i jako pilot).
Flanigan je již po mnoho let náruživým lyžařem, volné chvíle si krátí lezením po skalách, jízdou na horském kole a surfováním. Nyní bydlí v Malibu v Californii se svojí ženou a dvěma syny.
Filmografie
Stargate: Atlantis (2004) TV Series .... Maj. John Sheppard, USAF
111 Gramercy Park (2003) (TV) .... Jack Philips
Thought Crimes (2003) .... Brendan Dean
Farewell to Harry (2002) .... Nick
First Monday (2002) TV Series .... Julian Lodge
Silent Men (2000) .... Regis
Force, The (1999) TV Series
Other Sister, The (1999) .... Jeff Reed
First to Go, The (1997) .... Pater Cole
Tell Me No Secrets (1997) (TV) .... Adam Stiles
Sisters (1991) TV Series .... Brian Cordovas (1995-1996)
Reason to Believe, A (1995) .... Eric Sayles
Deadline for Murder: From the Files of Edna Buchanan (1995) (TV) .... Scott Cameron
Family Album (1994) (TV) .... Lionel